영인본으로 洋紙를 사용하여 四針眼으로 線裝하였다. 表紙書名은 종이 제첨에 필사되었는데, ‘戊戌日記’, ‘丁酉日記’ 등으로 다르다. 표지 이면에 ‘表紙 朴正熙大統領閣下揮毫’라고 인쇄된 첨지가 붙어 있다.

원본은 「壬辰日記」, 「癸巳日記」, 「甲午日記」, 「丙申日記」, 「戊戌日記」 각 1책, 「丁酉日記」 2책 등 李舜臣(1545~1598)이 7년 동안의 전쟁 중에 쓴 난중일기 7책, 「壬辰狀草」 1책, 「再造藩邦志抄」 1책, 「書簡帖」 1책을 합하여 모두 10책이다. 「壬辰狀草」는 1592년(선조 25) 4월 1일 전라좌도 수군절도사 재임부터 1594년(선조 27) 정월 10일 삼도수군통제사를 겸직할 당시까지 군무에 관한 사항을 보고한 장계 초안이다. 「壬辰狀草」의 오른쪽 위에 ‘萬曆二十年’이라고 쓰여 있고, 여러 곳에 ‘全羅左道水軍節度使印’이라는 朱印이 찍혀 있다.
난중일기는 임진왜란이 일어난 다음 날인 1592년(선조 25) 5월 1일부터 충무공이 전사한 1598년(선조 31) 10월 7일까지의 일기로, 이순신의 친필 초고본과 『충무공전서』에 전하는 두 판본이 있다. 『충무공전서』는 1795년(정조 19)에 완성되었는데, 尹行恁과 柳得恭이 편찬을 맡았다. 친필 초고본의 내용 중 『충무공전서』에는 누락된 것이 있는데, 이는 『충무공전서』의 편찬자들이 친필 초고본을 요약하였거나 뒤에 빠진 것으로 보인다. 이 일기는 陣中의 일상생활, 가족·친지의 내왕, 전투 일지, 水軍 운영의 비책, 국정에 대한 의견, 정치·군사에 관한 서신 교환 등이 상세히 적혀 있다. 또 여백에는 狀啓나 詩文의 초안까지 적혀 있다.

임진왜란 당시 상황에 대한 사실적 기록으로 당시의 전황과 군사지 체제에 관한 사항이 소상하게 표현 기록되어 있어 사료 가치가 높이 평가되고 있다. 특히 일기의 진실성과 함께 이순신 친필의 예술성도 뛰어난 것으로 평가받고 있다.