藍色 龜甲紋 표지에 테두리를 목판으로 찍어 表紙書名을 필사한 題籤이 있다. 版下口에 ‘李王職’이, 좌측 하단 欄外에는 ‘山田印刷納’이 인쇄된 회색 원고지를 접어 五針眼으로 線裝하였다. 앞표지에는 본문 시작 연도인 ‘仁祖二十五年丁亥(1647)以降’과 함께 藏書記인 ‘承政院上’이 필사되어 있다. 각 책 卷末에는 ‘昭和四年(1928)四月十五日 權純九 昭和四年六月十二日 檢閱洪淳瓚’ 등의 필사자와 검열자의 기록이 있다. 책 제1면 欄外 우측에 圓形인 ‘佐藤’과 ‘成田’이 날인되어 있다.

본서는 1647년(인조 25) 10월 7일부터 1655년(효종 6) 3월까지의 『승정원일기』를 權純九가 1929년 4월 15일에 베꼈는데, 그 뒷부분은 鄭忠吉의 上變이 이어지고 推鞫廳의 보고가 나오는 것으로 미루어 1656년(효종 7) 8월의 일이다. 이때 安城郡 사람 정충길이 상변하여 鞫廳이 설치되기 때문이다.
본서는 『승정원일기』에 나오는 좌목과 날씨가 없고, 주요 기사별로 되어 있다. 또한 年月日순으로 기록하였다. 그렇지만 『승정원일기』와 마찬가지로 의정부와 6조, 추국청의 계, 兩司의 계, 홍문관의 차자, 지방 수령과 방백의 장계 등이 수록되어 있다.
이 시기는 병자호란 뒤 청나라가 북경을 점령하고 동아시아의 형세가 다소 정리되어 가는 시점이었다. 따라서 여전히 외교가 중요했고 譯官 鄭命壽에게 禮單을 加給해 주는 일부터 시작하여, 청나라 사신들에게 주의를 기울이고 있는 사실을 수록했다. 그렇다고 국내 정치를 소홀히 한 것은 아니다. 『비밀일기』는 어떤 사건이나 인물을 중심으로 편찬한 것으로 보이지는 않는다. 마치 실록이나 『승정원일기』처럼 조정에서 이루어진 활동과 오고간 문서를 정리하는 데 초점을 둔 편찬이었던 것으로 보인다.

본서를 편찬한 1929년 무렵, 조선사편수회를 두고 조선 역사를 자신들의 시각으로 편찬하려고 했던 역사관을 보여줄 수 있다는 점에서 사학사적 의미가 크다고 하겠다.