총 16책으로 구성되어 있다. 13책까지의 표지서명은 ‘日記’를 표지에 직접 묵서하였고, 표지서명 하단에 ‘壹号, 第參号, 第肆号, […] 第十六号, 第十八号’라는 책차를 기재하였다. 표지 우측에 각 冊의 일기 기간을 음력과 양력으로 표기하였다. 그해의 중요한 사건을 표지에 간단하게 표기하기도 하였다. 표지 장황은 각각 다르다. 1·3·4·31호는 紙釘으로 고정한 형태이고, 5·9·34·35호는 같은 표지에 5침안의 선장본이다. 1·3·4·5·9호의 표지는 壯紙이고, 31·34·35호는 민무늬의 옅은 갈색 표지이다. 7·8·10·12·13·15·16·18호는 斜格卍字紋이 있는 황색 표지에 5침안의 선장본이다. 본문은 판심 상단에 ‘太醫院’이 인쇄된 주색 인찰공책지나 이왕직 전용 괘지에 필사하였다. 각 책의 제1면 하단에 인장 ‘太醫院章’이 날인되어 있다. 내용은 戊申年(제1호, 1908)·庚戌年(제3호, 1910)·辛亥年(제4호, 1911)·壬子年(제5호, 1912)·甲寅年(제7호, 1914)·乙卯年(제8호, 1915)·丙辰年(제9호, 1916)·丁巳年(제10호, 1917)·戊午年(제12호, 1918)·庚申年(제13호, 1920)·壬戌年(제15호, 1922)·癸亥年(제16호, 1923)·乙丑年(제18호, 1925)까지의 ‘태의원일기’와 昭和 13年(제31호, 1938)·昭和 16年(제34호, 1941)·昭和 17年(제35호, 1942)에 기록한 이왕직의 ‘漢藥房日誌’이다.

 태의원일기는 모두 16책 35호로 구성되어 있다. 1책은 1호이며 1908년 5월부터 시작한다. 12월 17일에는 南鮮으로 巡行을 했다는 사실이 부기되어 있다. 2책은 3호로 1910년 1월부터 그해 12월까지 기재되어 있다. 3책은 4호로 융희 연호 대신 간지로 기재되어 있다. 1911년 1월부터 그해 12월까지 기재되어 있다. 4책은 5호로 1912년 1월부터 그해 12월까지 기재되어 있다. 덕혜옹주가 탄생했다는 사실이 부기되어 있다. 5책은 7호로 1914년 1월부터 12월까지의 기록이 담겨 있다. 6책은 8호로 1915년 1월부터 12월까지의 일기가 기재되어 있다. 7책은 9호로 1916년 1월부터 12월까지의 기록이 기재되어 있다. 8책은 10호로 1917년 1월부터 12월까지의 기록이다. 9책은 12호로 1918년 1월부터 12월까지의 기록이다. 이해의 일기에 고종이 승하한 사실이 표제에 부기되어 있다.

 10책은 13호로 1920년 1월부터 12월까지의 기록이 담겨 있다. 11책은 15호로 1922년 1월부터 12월까지의 기록이 담겨 있다. 12책은 16호로 1923년 1월부터 12월까지의 기록이다. 13책은 18호로 1925년 1월부터 12월까지의 기록이다. 이후부터 일본의 연호를 쓰기 시작하였다. 14책부터 일기의 명칭이 바뀌어 ‘漢藥房日誌’로 변경되었다. 14책은 31호로 1938년의 기록이다. 15책은 34호로 1941년의 기록이다. 마지막 16책은 35호로 1942년의 기록이다.

 태의원일기 혹은 한약방일지는 편년체 형식의 자료로, 음력과 양력 모두를 적고 날마다 入侍하여 왕실 가족들의 건강 상태를 확인한 내용을 기록하였다. 대부분이 한문으로 기재되어 있으며, 간혹 국한문체가 등장하기도 한다. 일기의 상단에 기록을 설명하는 부기가 있다.

 태의원일기는 조선시대 왕실의 의료를 담당한 내의원 혹은 태의원이 일과를 기록한 자료이다. 내의원과 태의원은 궁궐에 상주하면서 왕실 사람들의 건강과 관련된 사안들을 자세하게 기록하였다. 매일 왕실 인물들을 문안하고 건강 상태를 확인하는 것이 내의원 혹은 태의원의 주된 임무였기 때문이다. 본 자료는 1908년부터 시작하여 1942년까지의 일기를 기록하고 있다. 일제강점기 이후에도 조선의 왕실이 이왕직을 통해 관리되고 태의원의 역할과 기능이 지속되고 있었다.