본문 주석의 “다른 『己丑錄』을 참고한다.[考異己丑]”는 부분에서 동명의 『기축록』을 참고했음을 알 수 있다. 여기서 『기축록』은 『大東野乘』에 실린 黃赫의 『기축록』을 말하는 것으로 추정된다.
상권은 ‘東西(南北)’이란 부제가 있고, 1589년(선조 22)에서 1600년(선조 33)까지 주로 정여립 사건을 중심으로 한 동서 분당에 대한 기술이다. 1589년 겨울 정여립의 모반이 고발되자 정여립이 자살하고 관련자들에 대한 추국이 이어졌다. 그 과정에서 명망이 높던 이발 형제·최영경·정개청 등이 죽음을 당했다. 옥사를 주도한 정철에 대한 입장 차이 때문에 동인은 온건한 남인과 강경한 북인으로 분열하였고, 다시 북인은 대북·소북으로 분열하였다.
하권은 ‘西南(大北小北)’이란 부제가 있고, 1601년(선조 34)에서 1659년(현종 즉위)까지 선조 후반과 광해군 대의 서인·남인·북인들에 대한 기록이다. 선조 후반에 벌어진 정여립 옥사 처리에 대한 논쟁, 정철·성혼 등 서인의 몰락, 광해군 즉위 전후의 정국 동향, 이이와 성혼의 문묘 출향 논쟁, 허균의 역모 사건, 인조반정, 인조 대 초반 서인의 분열, 효종 사후 벌어진 己亥禮訟 등을 다루고 있다.

己丑獄死와 그에 대한 처리, 광해군에서 인조 연간에 이르는 서인·남인·북인의 분열과 논쟁점을 알 수 있다.