四周雙邊, 10行, 上下內向2葉花紋魚尾인 목판 印札空冊紙에 필사하였다. 서명은 表紙書名에 근거하였다. 表紙書名, 版心題, 書根題는 모두 ‘甲乙錄’이다. 표지 서명 하단에는 冊次가 ‘一·二 ……七’로 표기되어 있다. 앞표지 우측 상단에 編目이 기재되어 있다. 書腦 하단에 ‘共七’이 기록되어 있다. 蟲害가 있는 면은 전체가 배접되어 있다. 書眉에는 頭註가 필사되어 있다. 각 책 제1면 우측 상단에는 ‘李王家圖書之章’이 날인되어 있다.

권두에 편찬 취지를 적은 小引이 있다. 노론과 소론의 분당이 시작되는 1684년(숙종 10) 갑자년과 1685년(숙종 11) 을축년의 논쟁을 중심으로 기록하였으므로 ‘갑을록’이라 명명하였고, 『定百錄』·『俟百錄』을 저본으로 필사했다고 하였다. 본문은 1657~1725년(효종 8~영조 1)의 편지, 상소, 실록 기사 등으로, 숙종 대 자료가 대부분이다. 윤증의 동생 農隱 尹推의 「辨錄」과 윤증의 아들 一菴 尹東源의 「私記」를 간간히 병기하였다.
본문은 윤선거·윤증 부자와 송시열·박세채·윤휴·이유태 등의 왕래 편지, 문인과 정치인들의 상소, 차자, 懷尼是非에 대한 국왕의 처분 등이 주 내용이다. 논쟁 주제는 윤선거의 강화도 탈출 행적에 대한 비판과 옹호, 윤휴와 윤선거의 관계에 대한 해석, 송시열이 작성한 윤선거 묘갈명을 둘러싼 논쟁, 윤증과 송시열의 갈등, 『家禮源流』의 저작권 논쟁이다. 각종 논쟁에서 윤증과 소론 인사들은 병자호란 시 윤선거가 강화도에서 탈출했던 일은 의리에서 벗어난 것이 아니고, 윤휴에 대한 포용은 탕평 정신에서 기인한 것이며, 송시열이 작성한 윤선거 묘갈명은 그를 몰래 무함하는 내용이 있고, 유계와 윤선거의 『가례원류』는 서로 다른 책이라고 주장하였다.

노론·소론 분기의 주요 원인 중 하나인 懷尼是非에 대해 소론 측 입장을 정리한 대표적 당론서이다. 주석 등을 통해 회니시비 당사자였던 윤선거·윤증 집안의 주장을 일목요연하게 볼 수 있다.