『대학장구보유』에서는 朱熹의 『大學章句』 내용 중에 문제가 되는 부분에 대해 잘못된 점을 고쳐서 보완하였고, 『속대학혹문』에서는 『대학장구』와 序次나 해석을 다르게 한 이유에 대해 6개 항에 걸쳐 문답식으로 설명하였다. 이러한 이언적의 개정에 대해 이황과 이이 등이 찬반 논란을 벌였으며, 그 이후에도 지속적으로 조선 성리학자들의 관심 대상이 되었다.
『대학장구보유』는 책제목이 나타내는 바와 같이 주희의 『대학장구』에 대한 보완적 저술이라는 뜻이지만, 이것은 저사의 겸사에 불과하다. 실제로는 『대학장구』에 대한 편차를 개정한 비판적 연구이다. 저자는 주희의 『대학장구』의 편차를 개정하면서 格物補傳을 부정하고 古本大學에 원래 格物致知條의 전문이 있다고 보았다. 그리고 주희의 전4장인 釋本末章을 없애고 『대학』 구조를 經1장, 傳9장으로 하여 전문 하나를 줄이는 식으로 편차를 개정하였다.
본 도서의 권수에는 정조의 御製續或問序가 수록되어 있고, 주희의 대학장구서, 이언적의 序文(1549)이 차례대로 실려 있다. 그리고 盧守愼의 跋文(1584), 趙絅의 跋文(1665)도 함께 수록되어 있다. 정조는 세손 시절부터 『대학』에 특별한 관심을 갖고 선현들의 관련 업적을 섭렵하였는데, 이언적의 저술을 높이 평가하여 존경의 뜻을 표하였다. 옥산서원에서 『속대학혹문』을 빌려 읽고 본 도서에 수록된 서문을 직접 지었다.